技术平台
AbMap抗体表位解析平台PhIP-Seq平台蛋白质/多肽芯片平台邻近标记技术平台-SPIDER

技术简介


噬菌体免疫沉淀测序(Phage immunoprecipitation sequencing, PhIP-seq)技术是近年来新兴的一项高通量筛选的技术,联合高容量的噬菌体展示多肽库、抗体免疫沉淀以及高通量测序技术,可用于分析体液(如血清)中抗体所识别的抗原组成,基于抗原-抗体匹配的、全局性、系统性的抗体库(Antibody repertoire)分析,是抗体组学(Antibodyomics)研究的有力工具。

 抗码生物的创始团队于2015年搭建了PhIP-seq平台(Wu FL, MCP, 2019Qi H, MCP, 2021),经过多年的技术沉淀、改进和优化,形成了成熟、稳定、可靠的PhIP-seq的实验平台,制备了包含人类蛋白质组、细菌/病毒蛋白质组等多种噬菌体展示肽库,并联合多肽芯片验证,形成了一整套抗体组学解决方案。

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技术原理


PhIP-seq技术可分为两部分:

  1. 根据应用需求建立抗原库。抗原库为噬菌体展示的多肽库。多肽序列来自公开的蛋白质数据库,如NCBI或Uniprot。根据需要可针对人、小鼠、各类细菌、各类病毒以及过敏原的蛋白质或蛋白质组进行设计,通常可覆盖上万种蛋白质,对应数十万条肽段。针对所设计的多肽序列,反向翻译为DNA序列,进行密码子优化,并采用高通量合成的方法获得DNA文库。最终,将DNA文库构建载体并包装到T7噬菌体,获得噬菌体展示多肽库。所获得噬菌体展示库须经过深度测序以评估其质量。

  2. 样本筛选和数据分析。将含有抗体的样本(如血清、血浆、脑脊液等)与噬菌体展示多肽库共孵育,并通过免疫沉淀的方式富集抗体-抗原(噬菌体)复合物。针对富集的噬菌体进行建库、高通量测序、序列解析,即可获得每一样本中抗体所识别的多肽序列的集合。通过整合分析可进一步获得蛋白抗原的信息。

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PhIP-seq技术历史

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技术优势

广泛的抗原覆盖度

多种抗原库可供选择

样本损耗少

价格低廉

多肽芯片验证

广泛的抗原覆盖度
多种抗原库可供选择
样本损耗少
价格低廉
多肽芯片验证

应用案例


已经建立的抗原库

                                

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           人蛋白质组全覆盖                                         病毒全覆盖                                        毒力因子高度覆盖       

                                                   涵盖人类参考基因组>5万个蛋白,                   涵盖260种人类病毒的9,831个蛋白,                涵盖各类致病菌的~14,186个毒力因子蛋白,

                                                  包含~60万条肽段。                                         包含>12万条肽段。                                         包含>17万条肽段。


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                                                           肠道菌群高度覆盖                                     自身免疫原深度覆盖                                     过敏原覆盖              

                                                   涵盖>800个肠道菌类型,对应                             针对92种自免病的>720个自免                      包含856个物种的5,436个过敏原蛋白质,

                                                   对应>20,000个分泌蛋白、膜蛋白,                    蛋白抗原深度覆盖,包含~36万条肽段。        共计>3.8万条肽段。

                                                   包含>24万条肽段。     



   应用场景

自身抗体谱研究 

病毒抗体谱研究

毒力因子抗体谱研究

过敏原抗体谱研究

自身免疫原表位分析


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适用样本类型

血清/血浆;
脑脊液;
肺泡灌洗液
……

样本要求

血清或血浆≥50μL;
若进行标志物分析,建议疾病组和对照组样本数量相当,且年龄、性别等信息匹配。
(血清样本处理规范见附件1)

附件1-血清样本采集标准操作流程.docx


参考文献


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