自身抗体谱研究

概述

       自身抗体是机体针对自身抗原产生的抗体。异常自身抗体的存在跟疾病状态密切相关，如自身免疫性疾病、肿瘤等。全局性、系统性的构建自身抗体谱有助于发现自身抗体生物标志物，以用于诊断、疾病分型、疗效评估和治疗靶点鉴定等。

       可提供两种方法用于构建自身抗体谱。

HuProt^TM芯片—人全蛋白质组高度覆盖全长蛋白质芯片

HuProt^TM人类全蛋白质芯片固定了>21,000种人重组蛋白，其中~90%为全长蛋白。该芯片天然是一种高质量的蛋白质自身抗原库，适用于全局性的自身抗体谱的构建。  

HumanScan—一种人蛋白质组全覆盖的噬菌体展示肽库

基于PhIP-seq技术平台，我们构建了人蛋白质组全覆盖的噬菌体展示肽库，涵盖53,943种人类蛋白质或剪切体，包括~59万条长度为56 aa的多肽片段。该噬菌体库经过深度测序验证，具有高准确度、高覆盖率、高均匀性等优势。

两种方法的优劣性见下表

应用案例

           副肿瘤综合征标志物发现                       神经相关自身抗体标志物发现                 肿瘤相关自身抗体标志物发现

        Brehm等利用人全蛋白质覆盖的噬菌体肽库，       Dubey等利用人全蛋白质覆盖的噬菌体肽库，          Zhang等利用人全蛋白质组芯片，发现7个自身

   鉴定抗体Anti-KLHL11是睾丸癌相关副肿瘤脑        鉴定抗体Anti-Cavin-4是免疫相关波纹肌病的            抗体的组合可用于肝癌诊断，特别是对于AFP-人

   炎的标志物（2019，NEJM)。                              生物标志物（2022，JAMA Neurology）。              群有巨大的诊断价值（2020，Journal of 

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参考文献

[1] Mandel-Brehm C, Dubey D, Kryzer TJ, O'Donovan BD, Tran B, Vazquez SE, Sample HA, Zorn KC, Khan LM, Bledsoe IO, McKeon A, Pleasure SJ, Lennon VA, DeRisi JL, Wilson MR, Pittock SJ. Kelch-like Protein 11 Antibodies in Seminoma-Associated Paraneoplastic Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jul 4;381(1):47-54. 

[2] Dubey D, Beecher G, Hammami MB, Knight AM, Liewluck T, Triplett J, Datta A, Dasari S, Zhang Y, Roforth MM, Jerde CR, Murphy SJ, Litchy WJ, Amato A, Lennon VA, McKeon A, Mills JR, Pittock SJ, Milone M. Identification of Caveolae-Associated Protein 4 Autoantibodies as a Biomarker of Immune-Mediated Rippling Muscle Disease in Adults. JAMA Neurol. 2022 Aug 1;79(8):808-816.

[3] Zhang S, Liu Y, Chen J, Shu H, Shen S, Li Y, Lu X, Cao X, Dong L, Shi J, Cao Y, Wang X, Zhou J, Liu Y, Chen L, Fan J, Ding G, Gao Q. Autoantibody signature in hepatocellular carcinoma using seromics. J Hematol Oncol. 2020 Jul 2;13(1):85.