药物靶点的发现和验证对新药研发非常重要，已知药物大多数都是通过作用于特定的靶点实现治疗功效的，寻找新药的潜在靶点可以发现新型作用机制的药物。传统的靶点识别方法效率较低,主要依赖基因敲除、融合蛋白等生物学实验方法,操作复杂费时费力，利用活性小分子进行靶标反向识别可以大大提高效率，可以揭示药物的作用机制,为开发新药提供思路。
抗码生物在活性小分子靶点蛋白筛选阶段，可提供两套方案供选择：
在传统Pulldown+质谱技术的基础上，通过结合结核分枝杆菌糖基化途径的基于底物的亲近性标记活性和链霉亲和素(SA)-生物素系统，上海交通大学团队开发了特异性糖基化作为标识报告物(SPIDER，Specific Pupylation as IDEntity Reporter)方法来识别蛋白质-生物分子的相互作用，该技术可用于活性小分子靶标的鉴定。
SPIDER技术原理
来那度胺（Lenalidomide）通过与E3连接酶DDB1-CRBN复合物的相互作用来治疗血液系统恶性肿瘤。通过SPIDER-PSMI实验，我们将生物素化Lenalidomide与HEK293T细胞裂解液孵育，然后免疫沉淀，利用结合生物素的琼脂糖进行质谱鉴定，以生物素为对照组（见下图A）。如预期的那样,DDB1-CRBN复合物被生物素化Lenalidomide高度富集（见下图B）。
SPIDER-PSMI实验结果图
与传统Pulldown+MS相比，SPIDER+MS具有显著的优势：1) 适用于膜蛋白鉴定，可支持活细胞-诱饵分子结合和检测；2）通用性强，诱饵分子可为蛋白质、抗体、DNA/RNA、小分子等多种类型；3）可检测弱相互作用。此外，SPIDER+MS比其它邻近标记技术亦有诸多优势，详见下表：
SPIDER与其它邻近标记技术的比较
HuProtTM人类全蛋白质组芯片固定了>21,000种人重组蛋白，其中~90%为全长蛋白。该芯片天然是一种高质量的蛋白质自身抗原库，能够精确定位于靶点蛋白结合的小分子，并且可以实现特定环境下难以捕捉的靶标鉴定。
应用案例
PNAS——三氧化二砷（Arsenic）相互作用蛋白及功能解析 (Zhang et al., 2015)
