DNA/RNA结合蛋白的鉴定是近年来的一项研究热点，包括修饰性RNA，这些修饰性RNA也能与结合蛋白相互作用，参与基因表达调控。因此，DNA/RNA结合蛋白的研究将有助于我们更全面地理解基因表达调控网络。
抗码生物在DNA/RNA结合蛋白的鉴定上，可提供两套方案供选择：
在传统Pulldown+质谱技术的基础上，通过结合结核分枝杆菌糖基化途径的基于底物的亲近性标记活性和链霉亲和素(SA)-生物素系统，上海交通大学团队开发了特异性糖基化作为标识报告物(SPIDER，Specific Pupylation as IDEntity Reporter)方法来识别蛋白-生物分子的相互作用，该技术可用于小分子药靶鉴定、结合蛋白筛选等应用中。
SPIDER技术原理
应用案例：m6A-RNA新结合蛋白的鉴定
作为真核生物mRNA中最普遍的修饰，m6A修饰在细胞分化和肿瘤发生中发挥着重要作用。为了鉴定m6A结合蛋白，我们进行了SPIDER-PNI和生物素化RNA探针实验，将生物素化的m6A修饰单链RNA(m6A-ssRNA，含共识序列GG(m6A)CU)与YTHDF家族过表达的HEK293T细胞裂解液共孵育，生物素化的单链RNA(A-ssRNA)作为对照。
基于MS的蛋白鉴定显示，通过SPIDER富集的20个m6A相互作用蛋白显着高于对照；在这些富集蛋白中，有5个已报道的相互作用蛋白是已知的m6A结合蛋白，包括排名前3位的YTDHF1、YTHDF2和YTHDF3,以及排名靠前的IGF2BP2和YTHDC (见下图)。
SPIDER鉴定出的m6A结合蛋白
除了已知的m6A结合蛋白,SPIDER还鉴定出一些新结合蛋白——如SRSF7蛋白，SRSF7是一个已知的剪切因子，在许多癌症中调节肿瘤基因的mRNA。为了验证m6A-ssRNA与SRSF7之间的直接结合，我们进行了表面等离子共振(SPR)实验，发现SRSF7选择性地与m6A-ssRNA结合，其亲和力比对照高2倍(如下图)。
m6A-ssRNA与SRSF7的表面等离子共振(SPR)实验
综上，SPIDER技术不仅验证了YTDHF1,YTHDF2, 和 YTHDF3——三个已报道的 m6A结合蛋白，还确定了SRSF7为本研究新确定的结合蛋白，表明SPIDER是鉴定修饰核酸的结合蛋白的有效工具。
与传统Pulldown+MS相比，SPIDER+MS具有显著的优势：1) 适用于膜蛋白鉴定，可支持活细胞-诱饵分子结合和检测；2）通用性强，诱饵分子可为蛋白质、抗体、DNA/RNA、小分子等多种类型；3）可检测弱相互作用。此外，SPIDER+MS比其它邻近标记技术亦有诸多优势，详见下表：
SPIDER与其它邻近标记技术的比较
HuProtTM人类全蛋白质芯片固定了>21,000种人重组蛋白，其中~90%为全长蛋白。该芯片天然是一种高质量的蛋白质自身抗原库，能够精确定位于靶点蛋白结合的小分子，并且可以实现特定环境下难以捕捉的靶标鉴定。
应用案例：RNA靶向治疗
Nature Communications-对人胰岛多克隆RNA随体进行收敛式选择
